Geologi
Sønderskovgård ligger i morænelandskabet syd for Synebjergbuen i et område med dødistopografi. Mod syd findes en senglacial smeltevandsfloddal.
I det nordvestlige hjørne af arealet er jordarten glacialt smeltevandsgrus, i den nordlige del i øvrigt er der et større område med moræneler. Omkring selve gården finder man glacialt smeltevandssand og –grus samt et mindre parti med postglacialt ferskvandsgytje. Syd for gården er man ned på smeltevandsfloddalens leje, her findes ekstramarginalt smeltevandssand.
Sønderskovgård er beliggende i geologisk interesseområde nr. 125, Svanninge Bakker – Odense Ådal. Dette område har stor forsknings- og undervisningsmæssig værdi som et af Danmarks mest markante randmoræner med inderlavning.

Internationale beskyttelsesområder.
Sønderskovgård ligger ikke i internationalt beskyttelsesområde.

Fredninger og vildtreservater
Området er ikke fredet eller beliggende i et vildtreservat.

Regionplanlægning.
Området ligger i sammenhængende naturområde og i område med særlige drikkevands-interesser.

Naturskov
Der er ikke udlagt arealer i medfør af naturskovsstrategien.

Kulturhistorie
Der er ikke registreret fortidsminder på ejendommen.

Friluftsliv
Ejendommen har kun ringe betydning for friluftslivet.

Målsætninger
Fortsat drift i samarbejde mellem Planteavlsstationen og distriktet med henblik på optimal frøproduktion.

Forskrifter
Sønderskovgård rummer ingen § 3 arealer.
Ejendommen støder mod syd op til Kasbækken – et ureguleret tilløb til Hårby Å. Løvtræbevoksningerne, der kranser ned til bækken, drives meget ekstensivt.
Det overvejes at anlægge en mindre sø i afd. 132 g.

Konsekvenser

Arealudvikling
Der forventes ingen arealudvidelse, men 1.9 ha uku areal overgår til frøplantage.